Par Baptiste Nava, expert-comptable inscrit à l’Ordre. Rédigé le 10 juin 2026, mis à jour le 8 octobre 2026 (voir les mises à jour). Lecture : 10 min.
L’essentiel à retenir
Ce que vous devez retenir avant de poursuivre la lecture :
- Vos actes de soins sont exonérés de TVA (CGI art. 261-4-1°) : aucune facture électronique à émettre vers vos patients.
- Ces mêmes actes exonérés sont aussi exclus de l’e-reporting : vos encaissements patients ne remontent à rien.
- La seule obligation qui vous concerne tous : recevoir vos factures fournisseurs en format électronique, obligatoire depuis le 1er septembre 2026.
- Le vrai sujet, ce sont vos activités annexes taxables (formation sans attestation DREETS, expertise, ventes, sous-location équipée).
- La franchise en base (37 500 € / 41 250 € en 2026) vous dispense de facturer la TVA mais pas de recevoir vos factures.
- Pour vos opérations taxables, ne rien faire exposera, à partir de septembre 2027, à 50 € par facture et 500 € par transmission manquante (plafond 15 000 €/an).
Commençons par la bonne nouvelle, celle qui devrait vous soulager : sur vos soins, vous n’avez aucune facture électronique à émettre. Vos consultations, vos séances, vos actes auprès des patients ne génèrent pas de facture au sens de la réforme, et n’ont donc pas à transiter par une plateforme. Si vous redoutiez de devoir équiper votre cabinet d’un logiciel de facturation pour chaque rendez-vous, vous pouvez ranger cette inquiétude.
La réforme de la facturation électronique avance : voici ce qui change réellement pour un soignant libéral. Premier point : tous les professionnels doivent pouvoir recevoir leurs factures fournisseurs au format électronique depuis le 1er septembre 2026. Deuxième point, moins connu : vos soins échappent non seulement à l’émission, mais aussi à l’e-reporting. Troisième point, le seul qui demande un peu de travail : vos éventuelles activités annexes taxables, quand vous en avez.
Reprenons chaque pièce dans l’ordre, avec les textes à l’appui.
Vos actes de soins échappent à l’émission de factures
Les soins dispensés par les professions médicales et paramédicales réglementées sont exonérés de TVA en application de l’article 261-4-1° du Code général des impôts. Cette exonération vise les consultations, les actes techniques, les séances de rééducation, les soins infirmiers, les actes de chirurgie dentaire, le suivi de grossesse : tout ce qui constitue le cœur de votre activité de soignant.
L’obligation d’émettre des factures électroniques vise les opérations entre assujettis établis en France, autrement dit les flux entre professionnels (B2B). Or vos patients sont des particuliers. Un acte facturé à un particulier relève du B2C, qui sort du champ de l’émission. La combinaison des deux est nette : opération exonérée et destinataire particulier, vous n’avez aucune facture électronique à émettre vers vos patients.
Cette logique se retrouve d’ailleurs dès que l’on raisonne sur votre régime fiscal. Un médecin, un kiné ou une sage-femme imposé en micro-BNC ou au régime de la déclaration contrôlée déclare des recettes, pas un chiffre d’affaires soumis à TVA collectée. La facture électronique, conçue autour de la TVA, ne trouve simplement pas de prise sur ce type de recettes.
…et vos soins échappent aussi à l’e-reporting
Ce point mérite qu’on s’y arrête. Un praticien, rassuré sur l’émission, peut se demander ensuite si ses encaissements patients devront tout de même être déclarés à l’administration via l’e-reporting (la transmission de données de transaction, pensée pour les opérations qui échappent à la facture électronique classique, comme les ventes aux particuliers).
La réponse est non, et elle est fondée sur une règle précise : les opérations exonérées de TVA au titre des articles 261 à 261 E du Code général des impôts n’entrent pas dans le champ de l’e-reporting (impots.gouv.fr). Vos soins, exonérés par l’article 261-4-1°, tombent pile dans cette exclusion. Concrètement, un praticien dont toute l’activité se résume à des soins n’a aucune donnée de transaction à transmettre sur ses encaissements patients.
Insistons : il est faux d’écrire que vos encaissements patients alimenteraient l’e-reporting. Ils n’alimentent rien. L’e-reporting ne vous concernera que si, et seulement si, vous réalisez des opérations taxables, ce qui renvoie aux activités annexes que nous détaillons plus loin. Pour une activité de soins pure, c’est une double exclusion : ni émission, ni e-reporting.
Ce qui concerne tout le monde : la réception, obligatoire depuis le 1er septembre 2026
Voici la seule obligation à laquelle aucun professionnel de santé n’échappe. À compter du 1er septembre 2026, toutes les entreprises et tous les professionnels assujettis à la TVA doivent être en mesure de recevoir leurs factures au format électronique (service-public.gouv.fr). Et un professionnel de santé libéral est bien un assujetti : un assujetti exonéré, pas un non-assujetti. La nuance compte, car c’est elle qui vous range dans le périmètre de la réception.
Pourquoi cette obligation s’applique-t-elle depuis 2026, alors que vous n’aurez rien à émettre avant 2027 ? Parce que vos fournisseurs, eux, basculent. Les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire émettent leurs factures électroniques depuis le 1er septembre 2026. Le jour où votre fournisseur de matériel médical, votre éditeur de logiciel ou votre prestataire bascule, il vous adresse une facture électronique : vous devez pouvoir la recevoir et la traiter.
Sont concernées vos factures d’achats professionnels : matériel et consommables, loyer si votre bailleur a opté pour la TVA, prestataires divers, abonnements logiciels. Cette réception passe par une Plateforme Agréée, sur laquelle nous revenons. Retenez ceci : même un praticien à 100 % de soins, sans la moindre opération taxable, est concerné par la réception. C’est la marche commune à tous.
C’est aussi le bon moment pour mettre de l’ordre dans le suivi de vos dépenses. Une réception centralisée et fiable de vos factures fournisseurs facilite le travail sur vos charges déductibles BNC : moins de justificatifs égarés, une comptabilité plus carrée.
Le vrai chantier : vos activités annexes taxables
Si un sujet mérite votre attention, c’est celui-ci. Un praticien peut exercer, à côté du soin, des activités qui ne sont pas exonérées de TVA. Et dès qu’une opération est taxable, elle peut entrer dans le champ de l’émission (si le client est un professionnel) ou de l’e-reporting (si le client est un particulier). Voici quatre cas à examiner.
La formation, sous condition d’attestation DREETS
Un kiné qui anime des formations, un médecin qui intervient dans un organisme : ces prestations ne sont exonérées de TVA que si deux conditions sont réunies. Il faut détenir une attestation de formation professionnelle continue délivrée par la DREETS, et que le programme relève bien de la formation professionnelle continue (CGI art. 261-4-4°a ; BOFiP BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-50). Sans cette attestation, vos prestations de formation sont taxables. Si elles s’adressent à un client professionnel, elles entrent dans le champ de l’émission de factures électroniques.
L’expertise médicale
Une expertise réalisée pour une compagnie d’assurance ou pour un tribunal n’est pas un soin : c’est une prestation taxable à la TVA. Le client étant un professionnel, on se trouve dans une opération B2B taxable, donc soumise à l’obligation d’émettre une facture électronique.
Les ventes de produits
Revente de matériel, de dispositifs, de produits : ces opérations sont taxables. Si l’acheteur est un particulier, l’opération relève de l’e-reporting. Si l’acheteur est un professionnel, elle relève de l’émission de facture électronique. Le régime dépend donc de qui achète.
La sous-location et la location
C’est le piège le plus discret. La mise à disposition d’un local professionnel équipé ou aménagé est taxable de plein droit, sans aucune option à formuler. Un local nu, lui, est en principe exonéré, sauf option pour la taxation (CGI art. 260-2°). Quant à la location de matériel, elle est taxable (BOFiP BOI-TVA-CHAMP-10-10-50-30). Concrètement, un praticien à 100 % de soins qui sous-loue son cabinet équipé à un remplaçant devient redevable de la TVA sur cette seule opération, sauf s’il bénéficie de la franchise en base (voir plus bas), et fait donc entrer une ligne dans le dispositif de facturation électronique.
Le conseil d’expert
La sous-location de votre cabinet à un remplaçant est un cas à ne pas manquer. Signalez-nous toute mise à disposition de local équipé ou de matériel : cela peut être la seule ligne taxable d’une activité par ailleurs entièrement exonérée.
Baptiste Nava, expert-comptable Contomed
Résumons la logique d’ensemble. Pour chacune de vos activités annexes, deux questions tranchent tout : l’opération est-elle taxable ? Et qui est le client, un professionnel ou un particulier ? Une opération taxable vers un professionnel relève de l’émission (à partir du 1er septembre 2027 pour les PME et micro-entreprises). Une opération taxable vers un particulier relève de l’e-reporting. Et toute votre activité de soins, elle, reste hors de tout cela.
Selon le volume de ces activités, la question du cadre d’exercice se pose parfois. Un praticien qui développe une part taxable significative gagne à examiner sa structure, y compris l’option d’une SELARL de médecin selon son projet : un arbitrage qui dépasse la seule facturation électronique et que nous étudions au cas par cas.
La franchise en base, garde-fou et ses limites
Pour les petits montants d’activité taxable, un mécanisme protège : la franchise en base de TVA. En 2026, pour les prestations de services, elle s’applique tant que votre chiffre d’affaires de l’année précédente ne dépasse pas 37 500 €, avec un seuil majoré de tolérance de 41 250 € en cours d’année (CGI art. 293 B). En deçà, vous ne facturez pas de TVA sur vos opérations taxables.
Une précision utile, car le sujet a été source de confusion : le seuil unique de 25 000 € voté fin 2024 a été supprimé et n’est jamais entré en vigueur. Ce sont bien les seuils de 37 500 € et 41 250 € qui s’appliquent en 2026.
Attention toutefois à ne pas surinterpréter cette franchise. Elle vous dispense de facturer la TVA, elle ne vous fait pas sortir du dispositif. Un professionnel en franchise reste un assujetti, et reste donc soumis à l’obligation de réception des factures électroniques, en vigueur depuis le 1er septembre 2026. La franchise allège le traitement de vos opérations taxables ; elle ne vous exonère pas de la marche commune.
Calendrier 2026-2027 et plan d’action
Mettons les échéances en regard de ce que vous avez à faire.
- Depuis le 1er septembre 2026 : obligation de réception des factures électroniques pour tous les assujettis, vous compris. Les grandes entreprises et les ETI émettent depuis cette date, d’où le basculement de vos fournisseurs.
- 1er septembre 2027 : obligation d’émission pour les TPE, PME et micro-entreprises, mais uniquement sur vos opérations B2B taxables. Si vous n’avez que des soins, cette échéance ne vous concerne pas.
Pour aborder ces échéances sereinement, quatre étapes suffisent. D’abord, cartographier vos flux : isolez ce qui est soin (hors dispositif) de ce qui est éventuellement taxable (formation, expertise, ventes, sous-location). Ensuite, choisir votre Plateforme Agréée, en lien avec votre cabinet, pour recevoir vos factures, ce qui est obligatoire depuis septembre 2026. Puis fiabiliser le suivi de vos recettes, pour que la part taxable, si elle existe, soit identifiée proprement. Enfin, préparer l’émission seulement si vous avez des flux taxables vers des professionnels, en vue de 2027. Pour un praticien à 100 % de soins, le gros du travail tient dans la première étape et la mise en place de la réception.
Le conseil d’expert
Avant tout achat de logiciel, faites l’inventaire de vos recettes ligne par ligne avec nous. Si toutes vos recettes sont des soins, il ne reste qu’à organiser la réception des factures fournisseurs, et le dossier est clos.
Baptiste Nava, expert-comptable Contomed
Et si je ne fais rien ?
L’inaction a un coût, qu’il vaut mieux connaître avant de le subir. Le défaut d’émission d’une facture électronique est sanctionné de 50 € par facture (CGI art. 1737 III), dans la limite de 15 000 € par an. Le défaut d’e-reporting coûte 500 € par transmission manquante (CGI art. 1788 D), avec le même plafond annuel de 15 000 €. Ces montants, relevés par la loi de finances pour 2026, s’appliquent à chaque obligation à son entrée en vigueur : pour un cabinet libéral, l’émission et l’e-reporting au 1er septembre 2027.
L’administration prévoit une tolérance bienvenue : la première infraction (appréciée sur les trois années précédentes) n’entraîne pas de pénalité si elle est réparée spontanément, ou dans les 30 jours suivant une demande de l’administration. Cela laisse une marge pour se mettre en conformité de bonne foi, mais ne dispense pas de s’organiser en amont. Pour un praticien à 100 % de soins, le risque sur l’émission et l’e-reporting est nul puisqu’il n’a rien à transmettre ; le seul vrai sujet reste de pouvoir recevoir ses factures.
Nos services. Nous accompagnons votre passage à la facturation électronique
Contomed accompagne exclusivement les professionnels de santé libéraux dans la qualification de leurs flux et leur mise en conformité.
En tant qu’expert-comptable 100 % santé, nous intervenons sur les points qui comptent réellement pour vous :
- Cartographie de vos flux : qualification ligne par ligne de vos recettes et dépenses au regard de la TVA et de la réforme.
- Mise en place de la réception : choix de la plateforme agréée et raccordement, si ce n’est pas déjà fait.
- Gestion des activités annexes : traitement des formations, expertises, ventes et sous-locations taxables, émission et e-reporting le cas échéant.
Tarifs clairs pour les professions libérales de santé
Nos forfaits démarrent à 75 € HT par mois pour la formule BNC standard et 85 € HT par mois pour celle qui ajoute le point à six mois, la déclaration 2042 et la réponse aux courriers de l’administration fiscale et des caisses. Pas de frais cachés, résiliation libre, sans engagement.
Les structures plus complexes, SEL, SPFPL, SCI et location meublée, relèvent de la formule sur-mesure, établie sur devis : la charge de travail dépend du montage, pas d’un forfait. La réponse chiffrée est remise sous 24 heures ouvrées après le rendez-vous. Prendre RDV découverte.
Historique des mises à jour
- 8 octobre 2026 : constats non sourcés retirés.
- 5 octobre 2026 : Dates de la réception (depuis le 1er septembre 2026) et sanctions (50 € par facture, 500 € par transmission) mises à jour ; réponses de FAQ actualisées.
Combien coûte un expert-comptable pour votre situation ? Estimer mon tarif en trois questions.
Article à vocation informative, à jour à la date indiquée : les règles fiscales et sociales évoluent chaque année. Votre situation mérite un chiffrage personnalisé.
FAQ : Facturation électronique et professions de santé
Pour vos soins, vous n’avez aucune facture électronique à émettre, et vos encaissements patients ne relèvent pas non plus de l’e-reporting, car les opérations exonérées de TVA en sont exclues. En revanche, vous êtes concerné par la réception : depuis le 1er septembre 2026, vous devez pouvoir recevoir vos factures fournisseurs au format électronique. En résumé : réception oui, e-reporting non, émission non.
Depuis le 1er septembre 2026, pour tous les assujettis, y compris les professionnels de santé exonérés de TVA (service-public.gouv.fr). C’est la seule obligation qui concerne l’ensemble des praticiens, même ceux qui exercent une activité de soins pure.
Non. Les opérations exonérées de TVA au titre des articles 261 à 261 E du CGI sont exclues du champ de l’e-reporting (impots.gouv.fr). Vos actes de soins, exonérés par l’article 261-4-1°, n’ont donc pas à être déclarés via ce dispositif.
Oui. La sous-location d’un local professionnel équipé est taxable de plein droit (BOFiP BOI-TVA-CHAMP-10-10-50-30). Vous devenez redevable de la TVA sur cette seule opération, sauf franchise en base, et elle entre alors dans le dispositif de facturation électronique. Vos soins, eux, restent hors champ.
Non. La franchise en base (seuils de 37 500 € et 41 250 € en 2026, CGI art. 293 B) vous dispense de facturer la TVA sur vos opérations taxables, mais vous restez un assujetti. À ce titre, l’obligation de recevoir vos factures électroniques, en vigueur depuis le 1er septembre 2026, s’applique pleinement.
