Professionnel de santé libéral, vous le savez : l’échéance du 1er septembre 2026 approche à grands pas. Et l’arrivée de la facturation électronique obligatoire suscite autant de questions que d’inquiétudes. Comment adapter vos outils ? Quelles démarches anticiper pour être en conformité sans désorganiser votre activité ?
Calendrier à respecter, choix d’une plateforme agréée, mise à jour des logiciels et formation de votre équipe, la transition demande une préparation méthodique.
Contomed vous aide à y voir clair et à transformer cette réforme en opportunité de simplification, de conformité et de gain de temps au quotidien.
La facturation électronique pour profession libérale en bref
- Dès le 1er septembre 2026, tous les professionnels libéraux assujettis à la TVA devront être capables de recevoir des factures électroniques.
- En 2027, l’obligation s’étendra à l’émission des factures pour les TPE, PME et indépendants.
- Même si la majorité des actes médicaux exonérés de TVA restent partiellement épargnés, les professionnels de santé devront tout de même recevoir leurs factures au format électronique.
- La réforme implique de choisir une plateforme de dématérialisation agréée (PDP) et de mettre à jour vos logiciels de facturation avant 2026.
- Anticiper dès 2025, c’est garantir une transition sereine, éviter toute non-conformité et simplifier durablement la gestion de votre cabinet.
Comprendre la réforme de la facturation électronique
Pourquoi cette réforme ?
La facturation électronique libéral s’inscrit dans un vaste projet national de modernisation de la gestion des entreprises. Son objectif : simplifier les échanges, renforcer la transparence fiscale et lutter contre la fraude à la TVA, estimée à plus de 15 milliards d’euros par an. Au-delà de l’aspect réglementaire, elle vise aussi à alléger les démarches administratives et à fiabiliser la comptabilité des professionnels libéraux.
Qui est concerné ?
Tous les assujettis à la TVA sont concernés, y compris les professions libérales : avocats, consultants, thérapeutes, médecins, infirmiers, kinésithérapeutes, etc.
Concrètement :
- Si vous exercez une activité soumise à la TVA, vous devrez émettre et recevoir vos factures sous format électronique normé.
- Si vos actes sont exonérés de TVA (cas de la majorité des professionnels de santé), vous ne serez pas tenu d’émettre de factures électroniques, mais devrez être en mesure d’en recevoir à partir du 1er septembre 2026.
Une évolution progressive et encadrée
La réforme s’appliquera en deux temps :
- Septembre 2026 : obligation pour toutes les entreprises et professions libérales de recevoir les factures électroniques.
- Septembre 2027 : obligation d’émettre les factures électroniques pour les TPE, PME et indépendants.
Ce calendrier offre une période d’adaptation d’un an pour tester les outils, former les équipes et sécuriser la mise en conformité.
Identifiez dès maintenant les prestations de votre activité soumises ou non à la TVA. Cette distinction déterminera vos obligations exactes et les solutions techniques à adopter.
Calendrier et obligations clés jusqu’en 2027
La mise en œuvre de la facturation électronique libérale se fera en deux grandes étapes. Ce déploiement progressif permet à chaque professionnel de santé de tester, s’organiser et adapter ses outils avant que la réforme ne devienne pleinement obligatoire.
Les grandes étapes à retenir
| Étape | Obligation | Public concerné | Date d’entrée en vigueur |
|---|---|---|---|
| Réception des factures électroniques | Être capable de recevoir et traiter les factures au format électronique via une plateforme agréée | Toutes les entreprises et professions libérales assujetties à la TVA | 1er septembre 2026 |
| Émission des factures électroniques | Émettre des factures électroniques conformes aux normes (Factur-X, UBL, CII) | TPE, PME, micro-entreprises et indépendants | 1er septembre 2027 |
Cette année de transition entre 2026 et 2027 permettra de tester les plateformes, former le personnel et corriger les éventuels dysfonctionnements avant la généralisation de la facturation électronique pour libéral.
Ce que cela implique pour les professions de santé
Pour les professionnels de santé libéraux, la réforme de la facturation électronique ne bouleversera pas l’ensemble des pratiques, mais elle nécessitera une réelle adaptation.
Dès 2026, vous devrez recevoir vos factures fournisseurs au format électronique, même si la majorité de vos actes restent exonérés de TVA.
En revanche, seuls les praticiens qui réalisent des actes soumis à TVA : comme certaines formations, expertises ou actes esthétiques, devront, à partir de 2027, émettre leurs propres factures électroniques. Dans tous les cas, la réforme implique une mise à jour des logiciels de facturation, l’ajout de mentions légales obligatoires et le choix d’une solution de dématérialisation conforme.
Pourquoi s’y préparer dès 2025 ?
Attendre la dernière minute serait risqué. Les plateformes agréées seront nombreuses, mais leur intégration demandera du temps : tests, paramétrages, formation des équipes… autant d’étapes qu’il vaut mieux anticiper.
En vous préparant dès 2025, vous éviterez les retards de paiement causés par des factures non conformes, les éventuelles pénalités administratives en cas d’erreur, et les difficultés techniques liées à une mise en place précipitée. Cette anticipation vous permettra d’aborder 2026 avec sérénité et de démarrer la transition en toute sérénité.
Etablissez un plan d’action clair dès 2025 : audit de vos outils, vérification de vos mentions de facturation et choix de votre plateforme pour aborder sereinement la réforme sans risquer la surcharge de travail en 2026.
Choisir sa plateforme de dématérialisation (PDP)
Le cœur de la facturation électronique libéral repose sur la plateforme de dématérialisation. C’est elle qui assurera la transmission, la réception et la conservation de vos factures selon les normes fixées par l’administration fiscale. Le choix de cette plateforme sera déterminant pour garantir la simplicité, la sécurité et la fiabilité de votre gestion quotidienne.
Comprendre le rôle des plateformes
Avec la réforme, les factures ne seront plus échangées directement entre le professionnel et son client. Elles transiteront désormais par une plateforme agréée par l’État, chargée de vérifier leur conformité avant de les transmettre au destinataire et à l’administration fiscale.
Dès lors, deux types de solutions coexisteront. A commencer par le Portail Public de Facturation (PPF), proposé gratuitement par l’État. Il proposera les fonctionnalités de base nécessaires à la réception et à l’émission des factures. À ses côtés, les Plateformes de Dématérialisation Partenaires (PDP), privées et payantes, proposeront des services plus complets et personnalisables.
Les PDP se distinguent notamment par leur compatibilité avec les logiciels de gestion médicale et comptable, leur accompagnement technique dédié et leurs fonctionnalités avancées d’archivage et de suivi. Pour un professionnel de santé, cette interconnexion représente un réel avantage : elle simplifie le travail quotidien, réduit les erreurs et facilite la collaboration avec l’expert-comptable.
Comment choisir la bonne solution pour votre cabinet
Un choix éclairé de plateforme de dématérialisation partenaire doit reposer sur plusieurs critères essentiels :
- Compatibilité avec votre logiciel de facturation ou de gestion médicale actuel.
- Sécurité et respect du RGPD, garantissant la protection de vos données patients et comptables.
- Ergonomie : une interface simple, claire et intuitive pour limiter la perte de temps.
- Support : un accompagnement réactif et une formation initiale pour votre équipe.
- Coût : une tarification transparente, adaptée à votre volume de factures et à votre activité libérale.
Avant toute décision, il est recommandé de tester plusieurs solutions et de demander à votre expert-comptable quelles plateformes sont compatibles avec son propre système. Cela facilitera le partage des données comptables et évitera toute double saisie.
Un marché encore en cours de structuration
La liste définitive des PDP agréées par l’administration sera publiée d’ici la fin de l’année 2025. En attendant, certaines plateformes opèrent déjà “sous réserve d’agrément”. Les grands acteurs bancaires et comptables (Crédit Agricole, CIC, Société Générale, etc.) développent également leurs propres solutions intégrées.
Pour les professionnels de santé, il est donc essentiel de choisir un prestataire habitué à travailler avec le secteur médical, connaissant les contraintes de confidentialité, de TVA partielle et de transmission sécurisée des données.
Privilégiez une PDP compatible avec votre logiciel de gestion médicale et connectée à votre expert-comptable. Vous gagnerez en efficacité et éviterez les erreurs de transmission.
Adapter vos outils et vos processus administratifs
La réussite de la facturation électronique en libéral ne repose pas uniquement sur le choix d’une plateforme : elle exige aussi une mise à jour de vos outils et une réorganisation de vos habitudes administratives. Cette étape est essentielle pour que la transition vers la dématérialisation se fasse simplement, sans perturber votre activité quotidienne.
Mettre à jour vos logiciels
Dès 2025, vérifiez que vos logiciels de facturation et de gestion de cabinet pourront générer des factures électroniques aux formats normés (Factur-X, UBL ou CII). Cette compatibilité technique est indispensable pour échanger correctement via votre plateforme de dématérialisation.
Assurez-vous également que vos modèles de factures intègrent les mentions obligatoires exigées par la réforme : numéro SIREN du client, catégorie de l’opération (prestation de service ou livraison de bien), adresse de livraison, et option de paiement de la TVA le cas échéant.
Les éditeurs de logiciels médicaux proposeront progressivement des mises à jour intégrées ou des modules complémentaires pour s’adapter à ces nouvelles exigences.
Simplifier et automatiser vos procédures
La facturation électronique pour libéral représente une opportunité de moderniser vos process internes. En automatisant les flux de facturation, de validation et d’archivage, vous gagnerez un temps précieux et limiterez les erreurs. Les factures reçues via votre PDP pourront être classées automatiquement, transmises à votre expert-comptable et conservées pendant dix ans conformément aux obligations légales. Cette centralisation numérique vous donnera une meilleure visibilité sur vos dépenses et recettes, tout en réduisant la charge administrative de votre secrétariat ou de votre équipe.
Préparer et former votre équipe
Même si les outils restent simples à appréhender, la réussite de cette transformation dépend de l’adhésion de votre équipe. Il est donc essentiel d’impliquer dès maintenant vos assistants, secrétaires ou collaborateurs dans le projet. Expliquez-leur les changements à venir, prévoyez une formation rapide sur la création, la réception et le suivi des factures, et assurez-vous que chacun comprenne les bénéfices concrets du dispositif de facturation électronique pour libéral.
Une approche progressive, accompagnée d’un suivi personnalisé, permettra de limiter le stress lié à la nouveauté et de favoriser une appropriation naturelle du nouvel environnement numérique.
Profitez de cette mise à jour obligatoire pour repenser votre organisation administrative. Centralisez vos documents, automatisez les échanges avec votre comptable et réduisez durablement le temps consacré aux tâches administratives.
Anticiper les impacts et tirer parti des bénéfices à venir
La facturation électronique ne se limite pas à une obligation réglementaire : c’est une véritable évolution de la gestion quotidienne des cabinets libéraux. Bien anticipée, elle offre des gains de temps, une réduction des coûts et une meilleure visibilité sur l’activité.
Gagner du temps au quotidien
En supprimant les tâches répétitives : saisie manuelle, envoi de factures par mail ou archivage papier , la facturation électronique permet de réduire le temps consacré à la gestion administrative.
Avec la réforme de la facturation électronique pour libéral, les échanges deviennent instantanés : les factures sont transmises, validées et archivées automatiquement. Vous disposez d’un suivi clair de leur statut (envoyée, reçue, payée), sans avoir à relancer vos correspondants. Ce gain d’efficacité vous libère du temps pour vous concentrer sur l’essentiel : votre cœur de métier !
Réduire les coûts administratifs
Au-delà du temps, la facturation électronique diminue nettement les dépenses liées à la gestion comptable.
Le coût moyen d’une facture papier (impression, envoi, classement) est estimé entre 14 et 20 €, contre 1 à 2 € pour une facture électronique. À l’échelle d’un cabinet libéral, cette différence représente plusieurs centaines d’euros économisés chaque année. S’ajoute à cela la réduction des coûts indirects : moins de papier, d’encre, d’affranchissement et de stockage physique.
Sécuriser et fiabiliser les échanges
Chaque facture électronique est horodatée, tracée et stockée dans un environnement sécurisé. Cette traçabilité renforce la sécurité juridique et comptable de votre activité. Les risques d’erreur, de perte ou de double facturation sont réduits, et les échanges avec votre expert-comptable sont automatisés et vérifiables à tout moment.
De plus, en cas de contrôle fiscal, l’accès immédiat aux factures conformes et archivées constitue un atout indéniable : vous gagnez ainsi en sérénité et en transparence.
Voyez la facturation électronique pour libéral comme un investissement rentable. Chaque minute et chaque euro économisés sur la gestion administrative renforcent la solidité et la rentabilité de votre cabinet.
S’appuyer sur son expert-comptable ou un accompagnement spécialisé
Face à la réforme de la facturation électronique, l’expert-comptable devient un partenaire stratégique. Son rôle ne se limite plus à la tenue comptable : il accompagne désormais les professionnels libéraux dans la transition numérique, la mise en conformité et l’optimisation de leur organisation administrative.
Un rôle clé dans la préparation à la réforme
L’expert-comptable est le mieux placé pour analyser votre situation au regard de la TVA, identifier vos obligations exactes et vous aider à choisir la plateforme la plus adaptée à votre pratique. Il peut également coordonner la mise à jour de vos logiciels, vérifier la conformité de vos modèles de factures et organiser la formation de votre équipe.
Grâce à sa vision globale de votre activité, il vous aide à anticiper les impacts de la réforme sur votre trésorerie, vos flux financiers et votre gestion quotidienne.
Un accompagnement sur mesure pour les professions de santé
Les professions médicales et paramédicales présentent des spécificités que seule une expertise dédiée peut maîtriser : actes exonérés de TVA, recettes mixtes, rétrocessions d’honoraires, structures en SCM ou SEL, etc.
Un expert-comptable spécialisé santé connaît ces particularités et adapte son accompagnement à votre réalité de terrain. Il vous guide pas à pas pour sécuriser la mise en place de la facturation électronique, tout en optimisant la gestion globale de votre cabinet.
Contomed, votre partenaire pour une transition réussie
Chez Contomed, nous avons fait le choix d’accompagner exclusivement les professions de santé. Nos équipes combinent expertise comptable, connaissance du secteur médical et maîtrise des solutions numériques.
Nous vous aidons à :
- diagnostiquer vos obligations vis-à-vis de la réforme,
- sélectionner et paramétrer la plateforme adaptée à votre activité,
- mettre à jour vos outils de facturation et vos modèles,
- former vos équipes à la nouvelle organisation,
- et assurer un suivi continu de votre conformité fiscale et technique.
Notre mission : faire de la facturation électronique pour libéral un levier d’efficacité, de conformité et de sérénité pour votre cabinet.
Ne traversez pas seul cette transition. En vous appuyant sur un expert-comptable spécialisé santé, vous gagnez un temps précieux et sécurisez chaque étape de votre mise en conformité.
La facturation électronique libérale obligatoire en 2026 marque un tournant majeur pour les professionnels de santé. Si cette réforme peut sembler complexe à première vue, elle s’inscrit avant tout dans une démarche de simplification, de sécurisation et de modernisation de votre gestion administrative.
En anticipant dès aujourd’hui, avec l’accompagnement précieux de Contomed, vous transformerez cette contrainte réglementaire en une véritable opportunité : gain de temps, réduction des coûts, meilleure traçabilité et relation facilitée avec votre expert-comptable !
