Facturation électronique profession libérale santé : ce qui s’applique vraiment en 2026

Par Baptiste Nava, expert-comptable inscrit à l’Ordre. Rédigé le 2 novembre 2025, mis à jour le 30 septembre 2026 (voir les mises à jour). Lecture : 13 min.

Baptiste Nava

Expert-comptable diplômé · Co-fondateur de Contomed · SUPRA 030000486301

Je pilote au quotidien la fiscalité des professionnels de santé libéraux : médecins, chirurgiens-dentistes, IDEL, kinésithérapeutes. Approche raisonnée pluri-annuelle, pas calendrier fiscal du dernier moment.

Ma conviction : la fiscalité d’un cabinet ne se subit pas, elle se pilote.

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Ce que nous entendons toutes les semaines

Je découvre que la facturation électronique devient obligatoire à une date que je croyais encore lointaine, et je n’ai rien préparé pour basculer mes habitudes de facturation à temps.

La réponse Contomed : Le passage à la facturation électronique se prépare poste par poste, choix de la plateforme, format des factures, calendrier propre à la taille de votre structure, en amont de l’échéance qui vous concerne.

Êtes-vous vraiment concerné ? Les 3 cas d’un libéral santé

Avant d’investir du temps et de l’argent dans une plateforme agréée, la première question est simple : vos actes sont-ils soumis à la TVA ? La réponse conditionne tout.

Cas 1 : activité 100 % thérapeutique exonérée de TVA

Un médecin généraliste ou spécialiste conventionné qui n’exerce que des actes médicaux remboursables, un infirmier libéral (IDEL) en soins, un kinésithérapeute pratiquant exclusivement des actes de rééducation inscrits à la nomenclature, un chirurgien-dentiste dont les actes sont intégralement remboursés par l’Assurance Maladie : aucun d’eux n’est assujetti à la TVA sur ces activités.

Le cadre légal est l’article 261-4-1° du Code général des impôts, qui exonère de TVA les soins médicaux et paramédicaux réalisés par des praticiens réglementés. Comme le précise l’AGA-PSL (octobre 2025) : « Les professions médicales et paramédicales conventionnées exerçant en BNC non assujettis à la TVA ne sont pas concernées. » Ces praticiens n’ont ni obligation d’émission, ni obligation de déclarer du e-reporting sur leurs actes thérapeutiques.

Leur seule obligation concrète, en vigueur depuis le 1er septembre 2026 : être en capacité de recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs, ce qui passe par le choix d’une adresse de réception sur une PA ou directement via le Portail Public de Facturation.

Cas 2 : activité mixte, le cas le plus fréquent

C’est le cas le plus répandu dans les cabinets libéraux de santé, et celui qui génère le plus de questions. Dès qu’une partie de votre activité est soumise à la TVA, la facturation électronique s’applique à cette fraction.

Exemples concrets selon votre profession :

• Médecin libéral + expertise judiciaire : les honoraires d’expertise pour les tribunaux sont soumis à TVA. Ce médecin doit émettre des factures électroniques pour cette part d’activité à compter du 1er septembre 2027.
• Chirurgien-dentiste + facettes esthétiques non remboursées : les actes esthétiques (blanchiment, facettes cosmétiques) ne bénéficient pas de l’exonération TVA. Dès lors que le cabinet les facture séparément, ces lignes sont dans le champ de l’obligation.
• Kinésithérapeute + séminaires ou formations professionnelles : les prestations de formation ne sont exonérées de TVA que si le praticien détient une attestation de formation professionnelle continue délivrée par la DREETS (CGI art. 261-4-4°a). Sans cette attestation, les formations facturées à d’autres professionnels sont imposables à la TVA.
• IDEL + redevances de collaboration perçues : une infirmière libérale qui perçoit des redevances d’un remplaçant peut être redevable de TVA sur cette redevance selon les conditions.
• Pharmacien : mixte par essence entre médicaments remboursés (hors TVA) et produits de parapharmacie, cosmétiques, matériel médical (avec TVA). L’obligation d’émission s’applique aux factures émises sur les ventes taxées.
• Sous-location de cabinet équipé ou location de matériel : la mise à disposition d’un local professionnel équipé est taxable de plein droit, sans option. Un praticien 100 % soins qui sous-loue son cabinet aménagé à un remplaçant devient redevable de la TVA sur cette seule opération.

Comme le souligne l’AGA-PSL : « la facturation électronique sera applicable à la part d’activité soumise à TVA. » Cela implique une comptabilité analytique suffisamment fine pour distinguer les flux, ou une revue de la facturation existante avant l’échéance.

Bonne nouvelle pour les petits volumes taxables : la franchise en base de TVA vous dispense de facturer la TVA tant que votre chiffre d’affaires de prestations de services reste sous 37 500 € (seuil majoré de tolérance à 41 250 € en cours d’année, article 293 B du CGI). Le seuil unique de 25 000 € voté fin 2024 a été supprimé et n’est jamais entré en vigueur. Attention toutefois, la franchise dispense de facturer la TVA mais ne fait pas sortir du dispositif : un professionnel en franchise reste un assujetti, donc soumis à l’obligation de réception, en vigueur depuis le 1er septembre 2026.

LE CONSEIL D’EXPERT

Auditez vos flux de revenus avant toute autre démarche. Je rencontre des cabinets qui partent chercher une plateforme agréée alors qu’ils n’émettront jamais une seule facture électronique. À l’inverse, certains praticiens mixtes ignorent que leurs redevances de collaboration ou leurs activités de formation les placent dans le champ de l’obligation dès septembre 2027. Ce diagnostic prend deux heures, il évite six mois d’erreur.

Baptiste Nava, expert-comptable Contomed

Cas 3 : activité 100 % non thérapeutique

Certains praticiens exercent des disciplines dont les actes ne sont pas reconnus ou remboursés par l’Assurance Maladie, et donc soumis à TVA dans leur intégralité. C’est le cas notamment des ostéopathes non reconnus au sens de l’exonération, des naturopathes, ou des chiropracteurs pratiquant hors du cadre remboursé. Ces professionnels sont dans le champ plein de la réforme : obligation de réception depuis le 1er septembre 2026, obligation d’émission au 1er septembre 2027.

Calendrier officiel 2026-2027 : 4 dates à retenir

La réforme s’est étalée dans le temps avec plusieurs ajustements législatifs. Le cadre de référence reste l’article 56 de la loi de finances 2024, complété par l’ordonnance du 15 septembre 2021 (ordonnance 2021-1190) et le décret d’application du 7 octobre 2022.

Pour les professions libérales de santé en activité mixte, la réception est due depuis le 1er septembre 2026 : choisir une PA et s’inscrire à l’Annuaire n’est plus une étape de préparation. L’obligation d’émission, elle, laisse jusqu’en septembre 2027, soit un délai utile pour paramétrer et tester sans précipitation.

Source officielle : impots.gouv.fr, page dédiée à la facturation électronique professionnelle.

Plateformes Agréées (PA) : ce que le renommage change vraiment

Pourquoi le renommage du 30 juillet 2025

Depuis le 30 juillet 2025, les anciennes plateformes de facturation partenaires sont officiellement rebaptisées Plateformes Agréées (PA). Ce changement, actant par arrêté, n’est pas un simple lifting de communication. Il traduit un resserrement du cadre réglementaire : l’agrément délivré par la DGFiP remplace le régime d’immatriculation provisoire, avec des exigences renforcées en matière de sécurité, d’interopérabilité et de continuité de service. Comme le précise le groupe Fiba (11 juillet 2025) : « À compter du 30 juillet 2025, les Plateformes de Dématérialisation Partenaires (anciennement PDP) sont devenues les Plateformes Agréées (PA). »

Pour les cabinets libéraux, la conséquence pratique est claire : une plateforme qui n’a pas obtenu son agrément PA ne peut pas légalement vous servir de canal de facturation. Vérifiez sa présence sur le registre DGFiP avant de signer. Certaines n’ont pas franchi cette étape.

Où en est l’agrément des PA

La liste officielle mise à jour le 22 septembre 2026 compte 149 plateformes immatriculées, et 14 autres attendent la réussite de leurs tests d’interopérabilité. Ce chiffre évolue régulièrement à mesure que de nouveaux acteurs obtiennent leur agrément. La liste officielle à jour est consultable directement sur le site des impôts.

Consulter la liste officielle des PA agréées : impots.gouv.fr, registre des Plateformes Agréées.

Comment choisir une PA pour un cabinet santé libéral

Pour un praticien libéral en activité mixte, trois critères méritent d’être évalués dans cet ordre :

1. Couverture e-reporting B2C : si une part de votre activité est taxable et facturée à des particuliers (actes non remboursés, parapharmacie), votre PA doit gérer le e-reporting de ces transactions B2C. Vos actes de soins exonérés, eux, en sont exclus.
2. Intégration avec votre logiciel comptable ou métier : une PA sans connecteur natif vers votre logiciel de gestion de cabinet ou de comptabilité génère une saisie manuelle, ce qui annule une partie du bénéfice de la dématérialisation.
3. Tarif au volume adapté à la taille du cabinet : un cabinet libéral de 1 à 3 praticiens n’a pas les mêmes volumes qu’une PME industrielle. Vérifiez l’existence d’un forfait adapté aux faibles volumes annuels.

Parmi les PA agréées qui proposent des offres compatibles avec les petites structures : Qonto, Cegid, Sage, Tiime, Pennylane. Cette liste n’est pas exhaustive et ne constitue pas un comparatif. Chaque solution mérite une évaluation sur les trois critères ci-dessus.

LE CONSEIL D’EXPERT

Pour la majorité des cabinets à activité 100 % soins, l’obligation centrale se résume à la réception : les actes thérapeutiques exonérés ne donnent lieu ni à e-invoicing ni à e-reporting. Le e-reporting ne concerne que la part taxable facturée à des particuliers (actes non remboursés, parapharmacie). Si vous avez ce type de flux, choisissez une PA qui traite les deux volets : beaucoup de solutions grand public ignorent le B2C.

Baptiste Nava, expert-comptable Contomed

E-invoicing vs e-reporting : la vraie ligne de partage côté santé

Les deux termes circulent dans tous les documents officiels mais leur distinction conditionne directement ce que votre cabinet doit faire.

Le e-invoicing désigne l’émission et la réception de factures électroniques structurées entre deux entreprises assujetties à la TVA. C’est le cœur de la réforme pour les flux B2B. Pour un cabinet libéral en activité mixte qui facture des honoraires d’expertise à un tribunal ou des formations à une structure de santé, c’est cette branche qui s’applique.

Le e-reporting désigne la transmission périodique à la DGFiP des données de transactions qui ne font pas l’objet d’un e-invoicing : notamment les ventes à des particuliers (B2C) et les opérations avec des opérateurs étrangers. Pour un cabinet de santé libéral en activité mixte, c’est souvent cette obligation qui prime pour la part taxable : les actes non remboursés facturés à des patients particuliers doivent faire l’objet d’un e-reporting, même s’ils ne génèrent pas de facture électronique interentreprises. Les actes de soins exonérés, en revanche, restent hors du champ de l’e-reporting.

Les formats techniques autorisés pour les factures électroniques structurées sont définis par l’administration fiscale (impots.gouv.fr) :

Pour la grande majorité des cabinets libéraux en activité mixte, le format Factur-X est le point d’entrée le plus adapté : il reste lisible par le praticien et s’intègre dans la plupart des logiciels comptables courants.

Pour approfondir la gestion comptable spécifique aux professionnels de santé en BNC, deux pages utiles : notre page service comptabilité BNC pour les professions libérales de santé et notre guide charges déductibles en BNC qui inclut les abonnements aux plateformes agréées.

Sanctions : ce que vous risquez, obligation par obligation

Le régime de sanctions est gradué et distingue les manquements selon leur nature. Les montants sont fixés par les articles 1737 III et 1788 D du Code général des impôts. La loi de finances 2026 (loi n° 2026-103 du 19 février 2026) a relevé ces montants : de 15 à 50 € par facture pour le défaut d’émission, et de 250 à 500 € par transmission pour le défaut d’e-reporting. Ils s’appliquent à chaque obligation au fur et à mesure de son entrée en vigueur : la réception au 1er septembre 2026, puis l’émission et l’e-reporting au 1er septembre 2027 pour les professions libérales de santé.

• Non-transmission d’une facture électronique (e-invoicing) : 50 euros par facture non transmise, plafonné à 15 000 euros par an (article 1737 III CGI).
• Non-transmission des données de e-reporting : 500 euros par transmission non effectuée, plafonné à 15 000 euros par an (article 1788 D CGI).
• Défaillance d’une Plateforme Agréée : 500 euros après une mise en demeure restée infructueuse pendant 3 mois, montant susceptible d’augmenter en cas de non-conformité persistante.

Exonération de première infraction : les amendes peuvent être annulées si la situation est régularisée spontanément avant toute demande de l’administration, ou dans les 30 jours suivant une première demande. Ce filet de sécurité existe, mais il ne dispense pas d’être prêt à temps : il couvre une omission ponctuelle, pas une absence totale de mise en conformité.

Pour un cabinet libéral en activité mixte dont le volume de facturation est faible (quelques dizaines de factures par an), le plafond de 15 000 euros par an reste théorique. En pratique, c’est la pénalité unitaire de 500 euros sur le e-reporting qui est la plus exposée si le cabinet ne dispose pas d’une PA configurée.

Référence légale : article 1737 du CGI sur Légifrance.

Le plan d’action Contomed : 4 étapes pour être prêt

Pour un cabinet libéral de moins de 5 collaborateurs, la mise en conformité complète demande entre 2 et 3 mois si elle est organisée méthodiquement. Voici la séquence que nous appliquons avec nos clients.

1. Auditer vos flux (TVA vs hors TVA)
   Lister l’ensemble de vos sources de revenus et les qualifier : exonéré de TVA ou imposable ? Cette cartographie de vos flux est le préalable à toute autre décision. Sans elle, vous risquez de surinvestir dans un outil inutile ou, à l’inverse, de passer à côté d’une obligation réelle.
2. Choisir votre Plateforme Agréée
   Sur la base de votre cartographie de flux et des trois critères présentés plus haut (e-reporting B2C, intégration logiciel, tarif au volume), sélectionner une PA et créer votre compte. Vérifier son agrément sur le registre DGFiP. S’inscrire à l’Annuaire des entreprises sur service-public.gouv.fr pour que vos fournisseurs sachent où vous envoyer leurs factures : la réception est obligatoire depuis le 1er septembre 2026.
3. Paramétrer et former l’équipe
   Connecter la PA à votre logiciel comptable. Former les personnes qui gèrent la facturation au quotidien, y compris sur la distinction e-invoicing / e-reporting et sur le format Factur-X si c’est celui que vous retenez. Un paramétrage mal fait génère des erreurs de transmission que vous ne détecterez pas immédiatement.
4. Tester en réel avec une facture pilote (bien avant septembre 2027)
   Émettre une facture test complète via la PA, vérifier sa réception du côté destinataire, contrôler la remontée des données de e-reporting dans le tableau de bord. Ce test en conditions réelles est le seul moyen de détecter les problèmes de format ou d’intégration avant l’échéance d’émission du 1er septembre 2027.

LE CONSEIL D’EXPERT

Comptez 2 à 3 mois pour un cabinet de taille modeste, à condition de démarrer par l’audit de flux. Je recommande systématiquement une facture pilote plusieurs mois avant votre échéance d’émission : elle révèle les problèmes d’intégration que les démonstrations éditeurs ne montrent jamais. Attendre septembre 2027 pour tester, c’est tester sous contrainte réglementaire.

Baptiste Nava, expert-comptable Contomed

Pour les cabinets qui gèrent plusieurs praticiens ou une structure en SEL, la mise en conformité s’inscrit dans une réflexion plus large sur la gestion BNC en profession libérale et sur la déclaration 2035 qui en découle. Les praticiens qui structurent leur activité en société trouveront un point de départ sur notre page SELAS pour profession libérale de santé.

Nos services. Nous accompagnons votre situation

Contomed est un cabinet d’expertise comptable spécialisé dans les professions libérales de santé, basé à Anglet. Nos interventions sur la facturation électronique s’articulent autour de quatre missions concrètes :

• Diagnostic de flux TVA/hors TVA : audit de votre structure de revenus pour qualifier précisément votre niveau d’exposition à l’obligation.
• Sélection et paramétrage de votre PA : accompagnement dans le choix de la plateforme agréée adaptée à votre volume et à votre logiciel existant.
• Mise en conformité e-reporting : configuration des flux de données de transactions B2C, souvent ignorés dans les accompagnements généralistes.
• Suivi régulier des obligations déclaratives : intégration de la facturation électronique dans votre tableau de bord comptable annuel pour qu’elle ne devienne pas un point de friction récurrent.

LE CONSEIL D’EXPERT

Je pilote au quotidien la fiscalité des professionnels de santé libéraux. Ma conviction : cette transition, si elle est préparée à temps, prend moins d’une journée de travail effectif pour un cabinet libéral bien organisé. Ne la traversez pas seul avec une checklist généraliste, qui ne tient pas compte de vos flux spécifiques santé. Un accompagnement ciblé évite les mises en conformité partielles qui restent exposées aux sanctions.

Baptiste Nava, expert-comptable Contomed

Prenez un premier rendez-vous d’échange pour évaluer votre situation : réserver un rendez-vous découverte.

Tarifs clairs pour les professionnels de santé libéraux

Contomed pratique une tarification transparente, adaptée à la réalité des cabinets libéraux de santé. L’accompagnement à la mise en conformité facturation électronique s’intègre dans une mission de suivi comptable globale ou peut être traité comme une intervention ponctuelle selon votre situation.

Nos honoraires sont détaillés sur notre page dédiée : voir les tarifs Contomed. Aucune surprise : le périmètre et le coût de l’intervention sont fixés par écrit avant tout démarrage.